Sehubungan dengan pelaksanaan Ujian Akhir untuk siswa Kelas IX SMPN 2 Botumoito, untuk setiap tahunnya diadakan praktek agama (PAI). Praktek yang di nilai berupa tata cara wudhu, bacaan Al Qur'an dan Shalat yang keseluruhan praktek tersebut harus diikuti oleh seluruh siswa kelas IX.